Er zijn vreemde gezichten gezien in de lucht, graancirkels verschijnen op de grond. Dit kunnen alleen tekenen zijn van een buitenaardse invasie. De mensen zijn bang en Area-51 wordt opgeroepen om de planeet te verdedigen.
Invasion from Beyond is een 3D-vlieggevechtspel. Door te kiezen uit een selectie van verschillende schepen (waarvan er meer in de loop van het spel te vinden zijn), gaat de speler de lucht in. Elk schip bevat een primair wapen, een secundair wapen en een Suk-O-Matic die kunnen worden gebruikt om items en mensen op te halen zodat ze in veiligheid kunnen komen.