Het verhaal gaat verder een paar dagen na de gebeurtenisse van Persona 4 Arena. De Midnight Channel zend weer uit en dit keer is het een vreemde reclame voor nog een toernooi genaamd P-1 Climax die leden van het Investigation Team en de Shadow Operatives in gevecht laat zien.
Enkele momenten na de uitzending van deze reclame valt de stroom uit in Inaba en word de stad bedolven in een vreemde rode mist. Daarnaast lijkt het alsof er live op TV figuren die sterk lijken op Mitsuru Kirijo, Aigis en Akihiko Sanada, gekruisigd worden.
Terwijl het Investigation Team probeert uit te zoeken wat er aan de hand is komt Junpei Iori vast te zitten in de rode mist. In de tussentijd kijken Labrys en Yukari Takeba vanuit een helicopter hoe de mist de stad bedelft.
Persona 5 gaat over de conflicten binnen en buiten een groep van middelbare scholieren die een dubbel leven leiden als Phantom Thieves.
Ze leiden een typisch dagelijks leven van een student in Tokyo, ze gaan naar hun lessen, naschoolse activiteiten en bijbaantjes. Maar ze beleven ook bizarre avonturen door hun krachten te gebruiken om iemands hart te betreden. Hun kracht komt van de Persona.
De helden van de game beseffen dat de maatschappij mensen dwingt een masker te dragen om hunzelf te beschermen. Door deze maskers te verwijderen en mensen te confronteren met hun innerlijke zelf leren de helden hun krachten te beheersen en het te gebruiken voor mensen te helpen.
Twee maanden nadat Persona 4 stopte dient zich een nieuw gevaar aan, en die ga jij te lijf in Persona 4: Arena! Tijdens The Golden Week doet een nieuw gerucht de ronde over een mysterieus televisieprogramma, de P-1 Grand Prix. Dit mysterieuze programma met boxwedstrijden is alleen zichtbaar als je op een regenachtige dag naar een televisie kijkt die uitgeschakeld staat en gaat over studenten die tot het einde doorvechten.
Als When Yu Narukami en zijn vrienden dit gerucht uittesten zien ze hun vriend Teddie de nieuwe wedstrijd aankondigen: "May the manliest of all men come on down" waarin hij iedereen in de zaal oproept om mee te doen als ze denken dat ze de beste zijn. Op dat moment komen alle deelnemers een voor een in beeld.
De jongens zijn geschokt, ze zien zichzelf onder schuilnamen aangekondigd worden op televisie! Ze besluiten deze zaak te onderzoeken. Wat schuilt er achter deze televisieshow?