Shin Megami Tensei: Persona 3 Portable is een remake van Persona 3 FES, dat in 2007 verscheen. In Persona 3 neem je de rol op je van een middelbare scholier, geadopteerd op jonge leeftijd, die onlangs is overgezet naar de Gekkoukan High School op Port Island. Hierbij krijg je de keuze om als jongen of meisje te spelen. Afhankelijk daarvan, veranderen ook enkele gebeurtenissen in het verhaal.
De speler ontdekt snel dat hij niet de enige is met speciale krachten en er ook andere scholieren zijn die deze kracht bevatten. Van hen leert hij over de Dark Hour, een verborgen tijd die tussen een dag en de volgende bestaat, waar het overloopt van Shadows. Deze monsters hebben langzaam slachtoffers uitgezocht die ze The Lost noemen, mensen die onverklaarbaar zijn veranderd in hersenloze zombies.