Het buitenaardse ras 'Strogg' keert terug in strijd met de aarde. De Strogg zijn opgebouwd uit rottent vlees die van andere beschavingen afkomstig zijn. Dit vlees wordt bij elkaar gehouden door enkele mechanische onderdelen in het lichaam van de Strogg. Om te verkomen dat de aarde wordt vernietigd besluit men een 'armada' van de sterkste soldaten naar de thuisplaneet van de Strogg te sturen.
Deze strijdkrachten onderschatten de Strogg echter en bijna alle strijdkrachten worden onmiddellijk vernietigd, slechts één marinier weet door te dringen tot het defensiesysteem van de Strogg en schakelt het uit. Daarna vernietigt hij de collectieve hersenen en de leider van de Strogg: de 'Makron'. De aarde nam aan dat als de Makron werd vernietigd dat het allemaal over was, maar dat was niet het geval.
Enemy Territory: Quake Wars is de ultieme online multiplayervaring, waarbij je in teamverband doelstellingen behaalt. De game speelt zich af in het epische QUAKE universum in het jaar 2065. Geallieerde troepen van the Global Defence Force (GDF) nemen het tijdens de eerste invasie van de aarde op tegen een nieuwe vijand: de barbaarse en technologisch sterk ontwikkelde Strogg.
Kies de kant van de mensen of de Strogg en speel in één van de vijf unieke personageklassen. Met behulp van een arsenaal aan wapens, voertuigen en veldgeschut breng je door eigen vaardigheden en goed teamwork een aantal missies tot een goed einde. Teamwork wordt beloond met ontwikkeling van de personages en onderscheidingen. Door de heldere missies en doelstellingen per personageklasse kunnen ook beginnende spelers een belangrijke bijdrage leveren op het slagveld.