Dit is de eerste Europese Naruto-spel voor een Nintendo-systeem dat gebaseerd is op de Naruto Shippuden-licentie. Het verhaal van het spel loopt parallel aan dat van de eerste dertig afleveringen van de populaire Naruto Shippuden-tekenfilmserie. Het begint als de leider van een nabij gelegen dorp wordt ontvoerd door de duistere Akatsuki-organisatie en Team Kakashi, een groep ninjas waar ook Naruto deel van uitmaakt, zich in de strijd mengt om de dorpelingen te beschermen.
De personages zien er iets anders uit dan in de reguliere Naturo-serie aangezien de personages in de Shippuden-licentie een meer volwassen uiterlijk hebben. Elk personage heeft zijn eigen speciale aanvallen. Op basis van de uitdagingen die je verwacht tegen te komen, kun je voor elke stage kiezen welk personage je wilt besturen en ook welke personages hem of haar tijdens de missie moeten ondersteunen.
Naruto de ninja, het jongetje van de populairste mangaserie van Japan, is terug in een nieuw avontuur op de Nintendo DS. Het spel bevat 27 verschillende personages, die voornamelijk een doel dienen: vechten!
Met de stylus van de DS kun je de vechtsport jutsu helemaal onder de knie krijgen en kun je ook speciale technieken selecteren om te gebruiken.