Het spel is gebaseerd op de roman UBIK van Philip K. Dick. De speler bestuurt het hoofdpersonage uit het boek, genaamd Joe Chip. Hij werkt voor een bedrijf genaamd Runciter Associates in Los Angeles (anno 2019), en het is zijn taak om bedrijven te beschermen tegen industriële spionage van andere bedrijven. Met genetische manipulatie en de ontwikkeling van replicanten hebben beide partijen PSI-krachten bij de hand om hun doelen te bereiken.
In Atlantis 3 The New World wordt de hoofdrol deze keer vervuld door een vrouw. Zij zal je meenemen op een fantastisch avontuur dat zal leiden van de Hogar gebergten tot aan de Egyptische woestein, maar ook terug naar de Palaeolithic en uiteindelijk Bagdad.